Lautaro de Buin fue fundado el 1 de febrero de 1923, y se afilió a la Asociación San Bernardo, en donde estuvo hasta que se formó la Asociación Buin el 12 de noviembre de 1941. Entre los años 1951 y 1953 participó en la División de Honor Amateur (DIVHA), y entre los años 1956 a 1980 en el Campeonato Regional Zona Central, donde conquistó el título de 1960

Luego, participó en la Tercera División 1981, la primera edición de la recién creada categoría. Desde entonces estuvo presente en varias temporadas de la Tercera y Cuarta División del fútbol nacional.

En tres ocasiones permaneció en receso, siendo la última la que comprendió las temporadas 2005 y 2008. En 2009 la Asociación Nacional de Futbol Amateur (ANFA) aceptó su postulación a la Tercera B, que por entonces correspondía a la cuarta división del fútbol nacional.

Disputó la Copa Absoluta 2015 como equipo de la Tercera B, y tan buena fue su campaña al caer en semifinales contra el, a la postre, campeón Deportes Rengo, que al ser el equipo de Tercera B con mejor rendimiento obtuvo un cupo de ascenso de categoría. En la edición siguiente, Lautaro alcanzó el subcampeonato tras perder la final ante Colina, por un marcador global de 3-1, por lo que recibió dos puntos de bonificación para la Tercera A 2016, en donde el club acabó en quinta ubicación.

Los metropolitanos lograron la clasificación para la Copa Chile 2018, enfrentándose ante Deportes La Serena en Primera Fase. En el partido de ida, disputado en el Estadio Municipal de San Bernardo, Lautaro consiguió el triunfo por 1-0, con gol de Claudio Fuentes. ​Pero en la vuelta, el club de Primera B dio vuelta la llave y ganó como local por 3-0, eliminando a Lautaro de Buin del certamen.

Ascenso al profesionalismo

Tercera División A 2018

Tras esto el equipo se concentró en Tercera División A, donde logró un cupo en la Liguilla de Ascenso gracias a su buen rendimiento en la primera rueda. Luego de una cerrada lucha entre Athletic Club Colina y Deportes Limache, los de la Provincia de Maipo lograron el ascenso a la Segunda División Profesional y su primer título al vencer a Deportes Rengo.

Segunda División Profesional

(2019-2020)

El equipo debutó en el profesionalismo el 7 de abril de 2019 con un empate 1-1 ante Fernández Vial en el Estadio Ester Roa Rebolledo de Concepción.​ Luego de un partido que quedó en la historia del club, de sus hinchas, los habitantes de Buin y los seguidores del fútbol. Luego de un complejo desempeño de Lautaro de Buin en el campeonato, el futbol se vio interrumpido el 18 de Octubre del 2019 debido a el estallido social en Chile.

Segunda División Profesional 2020

En 2020 el club sorprendió al reforzar su plantel con algunas figuras del futbol profesional con seleccionados como Hans Martínez y Fernando Meneses.​ Un nuevo renovado plantel y cuerpo técnico, y el gran desempeño de los jugadores, llevó al Toqui del Maipo a ubicarse en una buena posición en el campeonato. Tras la interrupción del torneo por la pandemia del COVID 19, el Toqui del Maipo logró consolidarse como puntero en una intensa lucha frente a Fernández Vial.

El 8 de febrero de 2021 Lautaro de Buín logró ascender a la Primera B por primera vez en su historia, además de consagrarse campeón de la categoría, después de ganar por 1-2 a General Velásquez en el Estadio El Teniente de Rancagua.